Wie bei allen medizinischen Behandlungsverfahren und Operationen kann es auch während und nach perkutaner Nephrolitolapaxie zu Komplikationen kommen. Entscheidend ist, diese möglichst im Vorfeld zu vermeiden, bzw. wenn sie sich nicht verhindern lassen professionell damit umzugehen.

Im Vergleich zu den anderen Steinbehandlungsverfahren wie der Steinzertrümmerung (ESWL) und Harnleiterspiegelung (Ureterorenoskopie) weist die perkutane Nephrolotholapaxie (PNLL) deutlich höhere und auch belastendere Komplikationsraten auf. So können während und nach der Steinpunktion Blutungen auftreten, die in äußerst seltenen Situationen auch mit Bluttransfusionen einhergehen können. Daneben können bei der eigentlichen Punktion Verletzungen umliegender Organe wie Darm, Leber, Milz und Lunge auftreten. Die Häufigkeit hängt sehr von der Erfahrung und technischer Durchführung der Punktion ab und kommt in der eigenen Klinik nahezu nicht vor. Allen Steinbehandlungen gemeinsam ist die Gefahr der entzündlichen Komplikation, also das Einschwemmen von Bakterien in die Blutbahn. Es handelt sich dabei um eine Blutvergiftung (Urosepsis). Vorbeugung treffen kann man durch vorsorgliche Untersuchung von Blut- und Urinproben, sowie durch vorbeugende (prophylaktische) antibiotische Behandlung zur Abschirmung um den Eingriff herum.

Beim Auftreten von Komplikationen können auch weitere Eingriffe erforderlich werden.