Eine wichtige Erweiterung des Behandlungsangebotes vor allem für depressive Erkrankungen stellt die rTMS dar. Bei dieser Methode wird mittels einer Magnetspule ein zeitlich rasch veränderliches Magnetfeld induziert und in regelmäßig aufeinander folgenden Einzelstimuli in kurzen Abständen über der Schädeldecke appliziert. Seit der ersten kasuistischen Beschreibung einer therapeutischen rTMS-Anwendung bei depressiven Patienten im Jahr 1993 wurden zahlreiche offene sowie mehrere placebokontrollierte klinische Studien durchgeführt, die deutliche antidepressive Effekte der rTMS zeigten.

Die Indikation für eine rTMS wird am Zentrum für psychische Gesundheit zurzeit ausschließlich bei Patienten mit einer depressiven Episode ohne wahnhafte Symptomatik und ohne akute Suizidalität gestellt, deren Erkrankung zur Chronifizierung neigt. Somit überschneidet sich das Indikationsspektrum nicht mit dem der EKT, sondern betrifft gerade die Patienten, die eher nicht für die EKT geeignet sind. Insgesamt ist die Verträglichkeit der rTMS sehr gut und die Methode für die Patienten wenig belastend. Da es sich bei der rTMS noch um ein sehr neues Verfahren handelt, wird am Zentrum auch hier bereits bei Beginn der Anwendung großer Wert auf die genaue Beobachtung und Auswertung der Therapieeffekte gelegt.