Am häufigsten sind Bakterien die Ursache für eine Harnwegsinfektion, vor allem Keime des Darmtraktes, wie z. B. E.coli- Bakterien, (in 75 % aller Harnwegsinfekte vorhanden).

Im Rahmen von Allgemeininfektionen können aber auch Viren, und nach einer Antibiotikatherapie, nach größeren chirurgischen Eingriffen und bei Abwehrschwäche auch Pilze eine Infektion der Harnwege verursachen. Blasenentleerungsstörungen, Harnsteine und Anomalien am ableitenden Harntrakt (Niere,Harnleiter, Blase, Harnröhre), wie Harnröhrenklappen, ein vesikorenaler Reflux, eine Nierenbeckenabgangsenge oder eine hochgradig vernarbte Vorhautverengung (Phimose), können einen Harnwegsinfekt begünstigen. Bei einer Harnwegsinfektion eines männlichen Säuglings muss immer an eine zusätzliche Anomalie der ableitenden Harnwege gedacht werden.

Ca. 7 % der Mädchen und 2 % der Jungen haben bis zum sechsten Lebensjahr mindestens einmal eine symptomatische Harnwegsinfektion erlitten. Im Säuglingsalter sind Mädchen seltener betroffen als Jungen, danach sind sie jedoch wesentlich häufiger betroffen (9:1).

Bis zum zweiten Lebensjahr oft unspezifische Symptomatik wie Fieber, Blässe, Teilnahmslosigkeit (Apathie), Trinkschwäche, Gedeihstörungen, unbestimmte Bauchschmerzen, Erbrechen oder übel riechender Urin. Ab dem zweiten Lebensjahr sind die Anzeichen meist wie beim Erwachsenen (Harndrang, häufiges Wasserlassen, schmerzhaftes Wasserlassen, Fieber, Flankenschmerz), jedoch auch manchmal eher unspezifisch (Müdigkeit, Stimmungsschwankungen, Appetitlosigkeit, Bauchschmerzen). Auch das erneute Einnässen bei bereits trockenen Kindern (sekundäre Enuresis) kann ein Hinweis auf eine Harnwegsinfektion sein. Weiter ist wichtig zu wissen, dass es bei immer wiederkehrenden Harnwegsinfektionen häufig zu einem Abnehmen der Beschwerden von Mal zu Mal kommt.

Nachweis von deutlich vermehrten Leukozyten (Entzündungszellen) und Bakterien im Urin, manchmal auch von Blut, Nitrit, Proteinen und Zellzylindern. Bei Urinabgabe ist darauf zu achten, dass der Urin möglichst lange in der Blase verweilt hat (möglichst Morgenurin), da sonst zu wenig Bakterien nachgewiesen werden und eine Harnwegsinfektion fälschlicherweise ausgeschlossen wird. Andererseits kann es umgekehrt auch zu einer falschen Diagnose einer Harnwegsinfektion kommen, wenn der Urin beim Wasserlassen einfach aufgefangen wird, da hierbei eine Verunreinigung (Kontamination) mit Bakterien der Scheide und des Darmes stattfinden kann (daher Mittelstrahlurin (zweite Urinportion) auffangen oder in bestimmten Fällen auch Katheterurin). Bei Wickelkindern wird ein Beutel um den Harnausgang geklebt um den Urin aufzufangen. Bei Verdacht auf weitere (mitverursachende) Erkrankungen (wie Harntransportstörungen etc.) sind zusätzliche Untersuchungen notwendig (Ultraschall, Röntgenuntersuchungen, usw.).

In der Regel wird ein Antibiotikum verabreicht. Dieses sollte möglichst entsprechend des vorhandenen Keimes nach Austestung gegeben werden. Bei hoch fieberhaftem Infekt sowie schlechtem Allgemeinzustand sollte dies über Infusionen erfolgen. Außerdem helfen lokale Wärmeanwendung (Wärmflasche) und warme Sitzbäder in Kamillelösung. Bei Fieber empfiehlt sich Bettruhe. Eine Urinkontrolle soll drei Tage nach Therapiebeginn und nach Therapieende stattfinden, bei wiederkehrenden Infektionen der Blase sollen regelmäßige Kontrollen für mindestens ein Jahr und eine längerfristige Antibiotikagabe erfolgen. Ergänzend können krampflösende Medikamente sowie Schmerzmittel verabreicht werden. Wichtig sind darüber hinaus reichlich Flüssigkeitszufuhr, Vermeidung lokaler Unterkühlung und die Vermeidung falscher Reinigungstechnik nach Stuhlgang (immer von vorne nach hinten abwischen). Bei zusätzlich bestehenden Anomalien der ableitenden Harnwege sollten diese ggf. korrigiert werden. Nach einem kindlichen Harnwegsinfekt sollte immer nach einer möglichen Ursache gesucht werden. Das heißt, es sollte spätestens nach Ausheilen der akuten Infektion eine gezielte ärztliche Ursachenabklärung erfolgen.